Meskipun ERP membawa banyak manfaat, implementasinya tetap membutuhkan perencanaan matang. Salah satu tantangan utama adalah resistensi dari karyawan yang terbiasa dengan cara kerja lama. Untuk itu, pelatihan dan sosialisasi sistem menjadi bagian penting dari implementasi ERP. Perusahaan perlu memastikan semua pengguna memahami cara kerja sistem agar manfaatnya maksimal.

Tantangan lain adalah integrasi dengan sistem yang sudah ada. Beberapa perusahaan mungkin sudah memiliki software untuk akuntansi atau inventaris. ERP harus bisa berintegrasi atau menggantikan sistem lama tanpa mengganggu operasi. Proses ini bisa membutuhkan waktu dan biaya, tapi jika dilakukan dengan benar, hasilnya akan sangat signifikan bagi efisiensi perusahaan.

Selain itu, pemilihan vendor ERP juga krusial. Perusahaan perlu memastikan vendor memahami kebutuhan manufaktur di Indonesia dan mampu memberikan support yang cepat. Memilih ERP yang tidak sesuai bisa menyebabkan implementasi gagal atau biaya operasional meningkat. Oleh karena itu, perusahaan harus melakukan riset mendalam sebelum menentukan pilihan.