Walaupun banyak kelebihan, aplikasi bumdes juga punya kekurangan yang perlu diperhatikan. Salah satu kekurangannya adalah kebutuhan akan perangkat elektronik dan koneksi internet. Jika listrik mati atau jaringan internet bermasalah, akses ke aplikasi bisa terganggu. Hal ini berbeda dengan catatan manual yang bisa digunakan kapan saja tanpa tergantung teknologi.

Selain itu, beberapa pengelola yang belum terbiasa menggunakan komputer atau smartphone mungkin merasa aplikasi bumdes sulit dipelajari di awal. Butuh sedikit waktu untuk membiasakan diri dengan antarmuka dan fitur-fitur yang ada. Namun, kebanyakan aplikasi bumdes profesional sudah didesain dengan tampilan sederhana dan panduan yang jelas sehingga proses belajar tidak terlalu sulit.

Keamanan data juga menjadi pertimbangan. Meskipun aplikasi bumdes biasanya lebih aman dibanding catatan manual yang mudah hilang, risiko seperti hacker atau kerusakan server tetap ada. Tapi risiko ini bisa diminimalkan dengan memilih aplikasi bumdes yang terpercaya dan selalu update sistem keamanannya.